Вторник 24 июня 2025 года

 

Вы здесь:  Главная» Все новости» Наука» Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные


Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные

Суббота, 18 Января 2025 17:06
Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные Фото из открытых источников

Исследователи из Объединенного института генома (JGI) Министерства энергетики США (DOE), пользовательского центра Управления науки DOE, расположенного в лаборатории Беркли, опубликовали исследование в журнале Science Advances, в котором оценивается текущее состояние микробного геномного биоразнообразия. Используя общедоступные данные о последовательности генома, полученные за последние три десятилетия, их исследование оценивает, какую часть микробного разнообразия мы знаем, и предлагает путь вперед к курированию и культивированию того, что еще неизвестно.

 

«Мы глубоко погрузились в более чем 1,8 миллиона бактериальных и архейных геномов, чтобы увидеть, какую часть их разнообразия мы на самом деле охватили», — сказал соавтор Дуньин Ву, член группы функциональной аннотации в группе микробиомных данных JGI. «Оказывается, несмотря на все геномы, которые мы секвенировали, мы только поцарапали поверхность».

 

По словам соавтора Рехи Шешадри, это исследование — призыв к возрождению искусства практической микробиологии и экспериментальной проверки.

 

Микробы управляют миром, играя ключевые роли в регулировании глобальных циклов питательных веществ. Информация, полученная в результате понимания взаимодействия между микробами, хозяевами и их средой, может быть применена в различных областях исследований, включая сельское хозяйство, биотопливо и биопродукты, а также медицину. Продираясь через 30 лет данных секвенирования, команда в составе Ву, Сешадри, Никоса Кирпидеса и Натальи Ивановой провела перепись общедоступных бактериальных и архейных последовательностей. Кирпидес возглавляет группу по микробиомным данным JGI, а Иванова возглавляет группу функциональной аннотации.

 

С филогенетическим разнообразием в качестве репрезентативной меры биоразнообразия они использовали пять универсально сохраняющихся, кодирующих белок маркерных генов на почти 2 миллионах геномов, включая изоляты, собранные метагеномом геномы (MAG) с различными показателями качества, представляющие потенциальные геномы, и почти 44 000 метагеномов. Все данные находятся в открытом доступе в коллекции GenBank Национального центра биотехнологической информации (NCBI) и в базе данных Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG/M) JGI.

 

В своем анализе команда обнаружила, что геномы бактериальных изолятов представляют 9,73% от общего оценочного разнообразия доступных наборов данных. Попытки извлечь MAG путем извлечения данных непосредственно из образцов окружающей среды на протяжении многих лет значительно расширили известное разнообразие микробных геномов, составив почти 49% от общего оценочного бактериального разнообразия. Команда консервативно подсчитала, что около 42% бактериального разнообразия не имеют геномного представления в общедоступных базах данных.

 

За последние несколько десятилетий достижения в области технологий секвенирования привели к тому, что обилие микробных геномов стало доступно мировому исследовательскому сообществу. В аналогичном анализе для Archaea группа обнаружила, что изолированные геномы составляют всего 6,55%, в то время как MAG составляют около 57% предполагаемого разнообразия доступных наборов данных. Это оставляет 36% разнообразия архей без геномного представления.

 

«Когда дело доходит до выделения геномных данных, наших реальных контрольных камней, мы просто царапаем пресловутую чашку Петри», — сказал Сешадри. «Это напоминание о срочности выращивания новых видов микроорганизмов».

 

Автор-корреспондент Иванова сказала, что JGI продолжает работать в направлении увеличения геномного представления бактериального и архейного разнообразия, проливая свет на неизвестное микробное пространство. Хотя MAG значительно расширили известное разнообразие микробных геномов в наборах данных, однако, команда добавила, что эта информация по-прежнему выводится вычислительным путем. Необходимы экспериментальные исследования культивируемых изолятов, чтобы преобразовать потенциальные последствия в прикладную науку, способствуя устойчивой биоэкономике.

 

«Хотя вычислительно полученные MAG стали революционным инструментом для микробиологии, это призыв к балансу», — добавила Сешадри. Она отметила, что метагеномные наборы данных, используемые в этом исследовании, могут помочь исследователям повысить свои шансы на восстановление конкретных видов изолятов для культивирования. «Мы нарисовали карту сокровищ», — сказала она. «По сути, мы можем указать конкретные образцы окружающей среды, куда люди могут пойти и реинвестировать время и усилия в восстановление».

 
 

 
Николаева Мария Опубликовано в Наука   Теги Новости
Читайте также
В Польше найдена 6000-летняя античная статуэтка Венеры, переписывающая историю В Польше найдена 6000-летняя античная статуэтка Венеры, переписывающая историю В глубине мирной сельской местности вдоль балтийского побережья Польши, где река Парсента течет к океану, фермер раскопал находку, которая перепишет предысторию северной Европы. В песчаной земле лежала небольшая бежевая скульптура…
Потепление Земли стало необратимым и усилится через три года Потепление Земли стало необратимым и усилится через три года Количество углерода, которое человечество может выбросить в атмосферу, прежде чем климатическая система Земли преодолеет порог в 1,5 °C потепления, стремительно сокращается. Как указывается в исследовании, опубликованном в журнале Earth System…
Как организм избавляется от мёртвых клеток — новое открытие учёных из США Как организм избавляется от мёртвых клеток — новое открытие учёных из США Специалисты из Университета Техаса в Арлингтоне раскрыли ранее неизвестный механизм, с помощью которого живой организм очищается от отмерших клеток, сообщает издание PLOS Genetics. Работа исследователей даёт новое понимание роли стресс-ответных…
Интернет и СМИ
Главное за сутки
МО: за ночь над регионами России уничтожили 23 БПЛА МО: за ночь над регионами России уничтожили 23 БПЛА Российские средства ПВО за ночь перехватили и уничтожили 23 БПЛА над Ростовской, Волгоградской и Астраханской областями. Об этом сообщили в Минобороны России. "В период с 22:00 мск 22 июня 2025…
Постпред России при ООН Небензя: удары США по Ирану открыли ящик Пандоры Постпред России при ООН Небензя: удары США по Ирану открыли ящик Пандоры Соединенные Штаты своими действиями в отношении Ирана открыли ящик Пандоры, и остается неясным, к каким последствиям это может привести. Об этом заявил постоянный представитель РФ при ООН Василий Небензя. "Своими…
Вице-губернатора Белгородской области арестовали по статье о мошенничестве Вице-губернатора Белгородской области арестовали по статье о мошенничестве Вице-губернатор Белгородской области, министр имущественных и земельных отношений области Рустэм Зайнуллин арестован на два месяца по статье о мошенничестве, сообщили РИА Новости в суде. "Судом 22.06 стража на 2 месяца…
Тема дня
Западу нужно постоянно напоминать о концлагере Западу нужно постоянно напоминать о концлагере

Почему европейцы так боятся России, почему готовы так самозабвенно верить любой, даже самой нелепой ...

Фото
Открыто новое сверхтяжелое ядро: сиборгий-257 Открыто новое сверхтяжелое ядро: сиборгий-257

Группа физиков из Германии, Финляндии, Индии и Японии открыла новый изотоп синтетического химическог...

Опрос

Нужно ли разрешить западным брендам возвратиться в Россию?

 

Анекдот дня

Евросоюз осудил Тегеран за нападение Израиля на Иран и в ответ ввел очередной пакет санкций против России.

Еще »

Этот сайт использует файлы «cookie» с целью повышения удобства его использования. Во время посещения сайта вы соглашаетесь с тем, что мы обрабатываем ваши персональные данные с использованием сервиса «Яндекс. Метрика». Продолжая использовать сайт, вы соглашаетесь с Политикой конфиденциальности.

КАК ЗАРАБОТАТЬ НА ИИ ЕСЛИ ТЫ НЕ ПРОГРАММИСТ?
ПРОФЕССИИ, КОТОРЫЕ ВЫМРУТ ЧЕРЕЗ 5 ЛЕТ И ЧТО С ЭТИМ ДЕЛАТЬ?
Интересные материалы
МЫ ВКОНТАКТЕ

Зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций

(Роскомнадзор). Реестровая запись от 07.06.2022 серия ЭЛ № ФС 77 – 83392. При использовании, полном или частичном

цитировании материалов planet-today.ru активная гиперссылка обязательна. Мнения и взгляды авторов не всегда совпадают с

точкой зрения редакции. На информационном ресурсе применяются рекомендательные технологии (информационные технологии

предоставления информации на основе сбора, систематизации и анализа сведений, относящихся к предпочтениям пользователей

сети "Интернет", находящихся на территории Российской Федерации)".