Среда 25 марта 2026 года

 

Вы здесь:  Главная» Все новости» Наука» Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные


Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные

Суббота, 18 Января 2025 17:06

Исследователи из Объединенного института генома (JGI) Министерства энергетики США (DOE), пользовательского центра Управления науки DOE, расположенного в лаборатории Беркли, опубликовали исследование в журнале Science Advances, в котором оценивается текущее состояние микробного геномного биоразнообразия. Используя общедоступные данные о последовательности генома, полученные за последние три десятилетия, их исследование оценивает, какую часть микробного разнообразия мы знаем, и предлагает путь вперед к курированию и культивированию того, что еще неизвестно.

 

«Мы глубоко погрузились в более чем 1,8 миллиона бактериальных и архейных геномов, чтобы увидеть, какую часть их разнообразия мы на самом деле охватили», — сказал соавтор Дуньин Ву, член группы функциональной аннотации в группе микробиомных данных JGI. «Оказывается, несмотря на все геномы, которые мы секвенировали, мы только поцарапали поверхность».

 

По словам соавтора Рехи Шешадри, это исследование — призыв к возрождению искусства практической микробиологии и экспериментальной проверки.

 

Микробы управляют миром, играя ключевые роли в регулировании глобальных циклов питательных веществ. Информация, полученная в результате понимания взаимодействия между микробами, хозяевами и их средой, может быть применена в различных областях исследований, включая сельское хозяйство, биотопливо и биопродукты, а также медицину. Продираясь через 30 лет данных секвенирования, команда в составе Ву, Сешадри, Никоса Кирпидеса и Натальи Ивановой провела перепись общедоступных бактериальных и архейных последовательностей. Кирпидес возглавляет группу по микробиомным данным JGI, а Иванова возглавляет группу функциональной аннотации.

 

С филогенетическим разнообразием в качестве репрезентативной меры биоразнообразия они использовали пять универсально сохраняющихся, кодирующих белок маркерных генов на почти 2 миллионах геномов, включая изоляты, собранные метагеномом геномы (MAG) с различными показателями качества, представляющие потенциальные геномы, и почти 44 000 метагеномов. Все данные находятся в открытом доступе в коллекции GenBank Национального центра биотехнологической информации (NCBI) и в базе данных Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG/M) JGI.

 

В своем анализе команда обнаружила, что геномы бактериальных изолятов представляют 9,73% от общего оценочного разнообразия доступных наборов данных. Попытки извлечь MAG путем извлечения данных непосредственно из образцов окружающей среды на протяжении многих лет значительно расширили известное разнообразие микробных геномов, составив почти 49% от общего оценочного бактериального разнообразия. Команда консервативно подсчитала, что около 42% бактериального разнообразия не имеют геномного представления в общедоступных базах данных.

 

За последние несколько десятилетий достижения в области технологий секвенирования привели к тому, что обилие микробных геномов стало доступно мировому исследовательскому сообществу. В аналогичном анализе для Archaea группа обнаружила, что изолированные геномы составляют всего 6,55%, в то время как MAG составляют около 57% предполагаемого разнообразия доступных наборов данных. Это оставляет 36% разнообразия архей без геномного представления.

 

«Когда дело доходит до выделения геномных данных, наших реальных контрольных камней, мы просто царапаем пресловутую чашку Петри», — сказал Сешадри. «Это напоминание о срочности выращивания новых видов микроорганизмов».

 

Автор-корреспондент Иванова сказала, что JGI продолжает работать в направлении увеличения геномного представления бактериального и архейного разнообразия, проливая свет на неизвестное микробное пространство. Хотя MAG значительно расширили известное разнообразие микробных геномов в наборах данных, однако, команда добавила, что эта информация по-прежнему выводится вычислительным путем. Необходимы экспериментальные исследования культивируемых изолятов, чтобы преобразовать потенциальные последствия в прикладную науку, способствуя устойчивой биоэкономике.

 

«Хотя вычислительно полученные MAG стали революционным инструментом для микробиологии, это призыв к балансу», — добавила Сешадри. Она отметила, что метагеномные наборы данных, используемые в этом исследовании, могут помочь исследователям повысить свои шансы на восстановление конкретных видов изолятов для культивирования. «Мы нарисовали карту сокровищ», — сказала она. «По сути, мы можем указать конкретные образцы окружающей среды, куда люди могут пойти и реинвестировать время и усилия в восстановление».

 
 

 
 
Николаева Мария Опубликовано в Наука   Теги Новости
Читайте также
Причиной СДВГ признали энергетический сбой в мозге Причиной СДВГ признали энергетический сбой в мозге Синдромом дефицита внимания и гиперактивности (СДВГ) называют нарушение развития нервной системы, симптомами которого являются повышенная активность, импульсивность и трудности с концентрацией внимания. Они заметно понижают качество жизни, провоцируют проблемы с…
Ученые выяснили, как наши предки превзошли неандертальцев в организации жилищ Ученые выяснили, как наши предки превзошли неандертальцев в организации жилищ В последние годы было проведено множество исследований, сравнивающих анатомически современных людей — наших прямых предков — с другими архаичными людьми, такими как неандертальцы. Эти работы показали, что наши два вида,…
Неандертальцы находились на грани выживания в течение 350 000 лет Неандертальцы находились на грани выживания в течение 350 000 лет От 400 000 до 45 000 лет назад неандертальцы занимали большую часть Евразии, охотясь на крупную дичь, собирая растения, искусно обрабатывая каменные орудия и изготавливая одежду из шкур животных. Но…
Интернет и СМИ
Главное за сутки
МО: за ночь над регионами России сбили 389 украинских БПЛА МО: за ночь над регионами России сбили 389 украинских БПЛА Средства ПВО за ночь перехватили и уничтожили над российскими регионами 389 украинских БПЛА, сообщили в Минобороны РФ. В Усть-Луге в зоне порта ведется локализация возгорания. Несколько жилых домов и автомобилей…
В Барнауле задержали «юристов», обманывающих родственников пропавших без вести участников СВО  В Барнауле задержали «юристов», обманывающих родственников пропавших без вести участников СВО  "Юристов", обманывающих семьи пропавших без вести участников СВО, задержали в Барнауле. Возбуждено уголовное дело, сообщила помощник прокурора Алтайского края Мария Антошкина. "Индивидуальным предпринимателем в городе Барнауле был арендован офис, где…
Запрет на нефть из России откладывается. Что известно о новой позиции Евросоюза Запрет на нефть из России откладывается. Что известно о новой позиции Евросоюза Евросоюз передумал рассматривать вариант полного запрета на импорт нефти из России на фоне военной операции США и Израиля против Ирана, сообщило издание L'AntiDiplomatico. ТАСС собрал основное о ситуации. Решение ЕС…
Тема дня
Саудовскую Аравию затягивают в войну с Ираном ради чистого зла Саудовскую Аравию затягивают в войну с Ираном ради чистого зла

Саудовская Аравия желает стать полноценным участником нападения на Иран, чтобы довести операцию США ...

Фото
Компьютерная томография разгадала давнюю загадку триасовых цинодонтов Компьютерная томография разгадала давнюю загадку триасовых цинодонтов

Известный по единственному черепу, обнаруженному в Южной Африке в 1952 году, Cistecynodon parvus нео...

Опрос

Как долго продлится операция США против Ирана?

 

Анекдот дня

Когда я рассказал племяннику одиннадцати лет, что в его годы мы с друзьями во время ледохода катались на льдинах, он спросил: "Дядя, ты что, в детстве совсем тупой был?".

И тут я чего-то решил про догонялки на деревьях, карбид в бутылках, прыжки со второго этажа стройки в сугроб и взрывание дихлофоса в костре не рассказывать...

Еще »

Этот сайт использует файлы «cookie» с целью повышения удобства его использования. Во время посещения сайта вы соглашаетесь с тем, что мы обрабатываем ваши персональные данные с использованием сервиса «Яндекс. Метрика». Продолжая использовать сайт, вы соглашаетесь с Политикой конфиденциальности.

Интересные материалы
МЫ ВКОНТАКТЕ

Зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций

(Роскомнадзор). Реестровая запись от 07.06.2022 серия ЭЛ № ФС 77 – 83392. При использовании, полном или частичном

цитировании материалов planet-today.ru активная гиперссылка обязательна. Мнения и взгляды авторов не всегда совпадают с

точкой зрения редакции. На информационном ресурсе применяются рекомендательные технологии (информационные технологии

предоставления информации на основе сбора, систематизации и анализа сведений, относящихся к предпочтениям пользователей

сети "Интернет", находящихся на территории Российской Федерации)".