Пятница 14 февраля 2025 года

 

Вы здесь:  Главная» Все новости» Наука» Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные


Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные

Суббота, 18 Января 2025 17:06
Исследование показало, что у 42% бактерий отсутствуют геномные данные Фото из открытых источников

Исследователи из Объединенного института генома (JGI) Министерства энергетики США (DOE), пользовательского центра Управления науки DOE, расположенного в лаборатории Беркли, опубликовали исследование в журнале Science Advances, в котором оценивается текущее состояние микробного геномного биоразнообразия. Используя общедоступные данные о последовательности генома, полученные за последние три десятилетия, их исследование оценивает, какую часть микробного разнообразия мы знаем, и предлагает путь вперед к курированию и культивированию того, что еще неизвестно.

 

«Мы глубоко погрузились в более чем 1,8 миллиона бактериальных и архейных геномов, чтобы увидеть, какую часть их разнообразия мы на самом деле охватили», — сказал соавтор Дуньин Ву, член группы функциональной аннотации в группе микробиомных данных JGI. «Оказывается, несмотря на все геномы, которые мы секвенировали, мы только поцарапали поверхность».

 

По словам соавтора Рехи Шешадри, это исследование — призыв к возрождению искусства практической микробиологии и экспериментальной проверки.

 

Микробы управляют миром, играя ключевые роли в регулировании глобальных циклов питательных веществ. Информация, полученная в результате понимания взаимодействия между микробами, хозяевами и их средой, может быть применена в различных областях исследований, включая сельское хозяйство, биотопливо и биопродукты, а также медицину. Продираясь через 30 лет данных секвенирования, команда в составе Ву, Сешадри, Никоса Кирпидеса и Натальи Ивановой провела перепись общедоступных бактериальных и архейных последовательностей. Кирпидес возглавляет группу по микробиомным данным JGI, а Иванова возглавляет группу функциональной аннотации.

 

С филогенетическим разнообразием в качестве репрезентативной меры биоразнообразия они использовали пять универсально сохраняющихся, кодирующих белок маркерных генов на почти 2 миллионах геномов, включая изоляты, собранные метагеномом геномы (MAG) с различными показателями качества, представляющие потенциальные геномы, и почти 44 000 метагеномов. Все данные находятся в открытом доступе в коллекции GenBank Национального центра биотехнологической информации (NCBI) и в базе данных Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG/M) JGI.

 

В своем анализе команда обнаружила, что геномы бактериальных изолятов представляют 9,73% от общего оценочного разнообразия доступных наборов данных. Попытки извлечь MAG путем извлечения данных непосредственно из образцов окружающей среды на протяжении многих лет значительно расширили известное разнообразие микробных геномов, составив почти 49% от общего оценочного бактериального разнообразия. Команда консервативно подсчитала, что около 42% бактериального разнообразия не имеют геномного представления в общедоступных базах данных.

 

За последние несколько десятилетий достижения в области технологий секвенирования привели к тому, что обилие микробных геномов стало доступно мировому исследовательскому сообществу. В аналогичном анализе для Archaea группа обнаружила, что изолированные геномы составляют всего 6,55%, в то время как MAG составляют около 57% предполагаемого разнообразия доступных наборов данных. Это оставляет 36% разнообразия архей без геномного представления.

 

«Когда дело доходит до выделения геномных данных, наших реальных контрольных камней, мы просто царапаем пресловутую чашку Петри», — сказал Сешадри. «Это напоминание о срочности выращивания новых видов микроорганизмов».

 

Автор-корреспондент Иванова сказала, что JGI продолжает работать в направлении увеличения геномного представления бактериального и архейного разнообразия, проливая свет на неизвестное микробное пространство. Хотя MAG значительно расширили известное разнообразие микробных геномов в наборах данных, однако, команда добавила, что эта информация по-прежнему выводится вычислительным путем. Необходимы экспериментальные исследования культивируемых изолятов, чтобы преобразовать потенциальные последствия в прикладную науку, способствуя устойчивой биоэкономике.

 

«Хотя вычислительно полученные MAG стали революционным инструментом для микробиологии, это призыв к балансу», — добавила Сешадри. Она отметила, что метагеномные наборы данных, используемые в этом исследовании, могут помочь исследователям повысить свои шансы на восстановление конкретных видов изолятов для культивирования. «Мы нарисовали карту сокровищ», — сказала она. «По сути, мы можем указать конкретные образцы окружающей среды, куда люди могут пойти и реинвестировать время и усилия в восстановление».

 
 

 

 

 

Николаева Мария Опубликовано в Наука   Теги Новости
Главное за сутки
МО: за ночь над девятью регионами России сбили 83 украинских БПЛА МО: за ночь над девятью регионами России сбили 83 украинских БПЛА Средства противовоздушной обороны (ПВО) за ночь перехватили и уничтожили 83 украинских БПЛА над девятью российскими регионами, сообщили в Минобороны. В Липецке при падении обломков дрона получила ранения сотрудница станции аэрации.…
Гладков: в Белгородской области за сутки зафиксировали более 50 атак БПЛА ВСУ Гладков: в Белгородской области за сутки зафиксировали более 50 атак БПЛА ВСУ Вооруженные силы Украины (ВСУ) атаковали Белгородскую область с помощью более 50 беспилотников за прошедшие сутки. Один человек погиб, пятеро пострадали, сообщил в Telegram-канале губернатор региона Вячеслав Гладков. "Тяжелый вчера выдался…
МО: ВСУ 12 раз атаковали колонну сопровождения экспертов МАГАТЭ МО: ВСУ 12 раз атаковали колонну сопровождения экспертов МАГАТЭ Минобороны РФ заявило, что Вооруженные силы Украины нанесли 12 ударов по колонне машин рабочей группы ведомства, которая обеспечивала встречу и безопасность экспертов МАГАТЭ на пути к Запорожской АЭС. Ведомство распространило…
Интернет и СМИ
Читайте также
Человек из Усикавы оказался медведем: ученые пересмотрели данные Человек из Усикавы оказался медведем: ученые пересмотрели данные На протяжении десятилетий считалось, что найденные в середине XX века в японском городе Тоёхаси останки принадлежат древнему человеку. Однако новые исследования показали, что их происхождение связано вовсе не с Homo…
Ученые выяснили, что самый плохой период на Земле начался в 536 году Ученые выяснили, что самый плохой период на Земле начался в 536 году Археолог и медиевист Гарвардского университета Майкл МакКормик утверждает, что худшим годом для жизни был 536 год нашей эры. В этот период не было глобальных войн или пандемий (пока что), но…
В Республике Беларусь рак начали лечить «естественными киллерами» В Республике Беларусь рак начали лечить «естественными киллерами» Белорусские ученые и медики сделали прорыв в лечении рака, разработав первый в стране противоопухолевый клеточный продукт. В его основе — естественные клетки-киллеры, способные уничтожать злокачественные образования без агрессивного воздействия на…
Тема дня
Западные СМИ: Разговор Владимира Путина и Дональда Трампа потряс Европу Западные СМИ: Разговор Владимира Путина и Дональда Трампа потряс Европу

«Это был момент, которого европейцы и украинцы ждали месяцами, если не годами. Но когда он наконец н...

Фото
Самарские ученые разработали установку, выявляющую скрытый риск разрыва аорты Самарские ученые разработали установку, выявляющую скрытый риск разрыва аорты

Самарские ученые представили инновационную установку для тестирования тканей аорты, которая поможет ...

Опрос

Каким вы видите 2025 год по сравнению с предыдущим?

 

Анекдот дня

Счастье любит тишину, прерываемую тихими уведомлениями о зачислении денег.

Еще »
Комментарии для сайта Cackle
Мы на одноклассниках
 

 

МЫ ВКОНТАКТЕ

Свидетельство о регистрации СМИ Эл № ФС77-83392 от 07.06.2022, выдано Федеральной службой по надзору в сфере связи,

информационных технологий и массовых коммуникаций. При использовании, полном или частичном цитировании материалов

planet-today.ru активная гиперссылка обязательна. Мнения и взгляды авторов не всегда совпадают с точкой зрения редакции.

На информационном ресурсе применяются рекомендательные технологии (информационные технологии предоставления

информации на основе сбора, систематизации и анализа сведений, относящихся к предпочтениям пользователей сети "Интернет",

находящихся на территории Российской Федерации)".