Ученые выяснили, как коронавирус мутировал на пути из Китая в Европу

Генетическая история коронавируса была картирована с 24 декабря по 4 марта, выявив три различных, но тесно связанных варианта. Был проведен филогенетический анализ сети геномов SARS-CoV-2, отобранных по всему миру. Эти геномы оказались тесно связаны и находятся в процессе эволюционного отбора, иногда с параллельными эволюционными событиями, то есть одна и та же вирусная мутация возникает у двух разных людей. Результаты исследования были опубликованы в журнале PNAS.

Исследователи из Кембриджского университета обнаружили, что вирус, который в настоящее время наблюдается в Ухане, Китае и Восточной Азии,  где была выявлена первоначальная вспышка, не является оригинальным.

Этот штамм (известный как тип B) происходит от исходного вируса SARS-CoV-2, который прыгнул на людей от летучих мышей через панголины (тип A). Тип A как раз и является исходной версией и сейчас наиболее распространен в Америке и Австралии. Другой вариант, названный типом C, произошел от типа B Ухани и распространился в Европу через Сингапур .  

Ученые считают, что вирус может постоянно мутировать, чтобы преодолеть разные уровни устойчивости иммунной системы в разных популяциях.  

Доктор Питер Форстер, сотрудник Института археологических исследований Макдональда в Кембридже, а также Института непрерывного образования Университета, сообщил, что его команда начала отслеживать геномную эволюцию вируса в феврале, когда стало очевидно, что международное распространение неизбежно. Давние методы, усовершенствованные в 1990-х годах для отслеживания миграции людей из Африки 60 000 лет назад, были применены к вирусу для выявления его корня и последующего распространения.

Всего исследователям было предоставлено 160 практически нетронутых геномов коронавируса из базы данных GISAID, немецкого веб-сайта. Они содержали образцы из многих первых случаев в Европе и Америке.

"Это позволяет вам взглянуть на начало эпидемии - это первый геномный снимок этого события", - сказал доктор Форстер. 

Тип A имеет два подкласса, первый, обозначенный как T-аллель, имеет существенные связи с Восточной Азией, как это было обнаружено у американцев, которые жили в Ухане. Однако второй субкластер типа A, называемый C-аллелем, немного отличается из-за ряда мутаций. В исследовании ученые пишут: "Примечательно, что почти половина типов в этом подкластере, однако, обнаружена за пределами Восточной Азии, в основном в Соединенных Штатах и Австралии". 

Исследователи  имели доступ к 93 геномам типа B и 74 находились в Ухане (22), других частях восточного Китая (31) или в соседних азиатских странах (21). Небольшое количество было идентифицировано в других местах, но тип B имел сильное сродство к Ухани и происходил от типа A посредством двух мутаций, в T8782C и C28144T. 

Тем не менее, вариант не распространяется далеко за пределы региона. Было обнаружено, что тип В является удобным для иммунной системы людей в Ухане и не нуждается в мутировании для адаптации. Однако за пределами Ухани и в телах людей из разных мест изменения изменялись гораздо быстрее, что указывало на то, что они адаптировались, пытаясь выжить и преодолеть сопротивление. 

Доктор Форстер пояснил: "Коронавирус мутировал из типа А в В, и в форме В он чувствует себя комфортно в иммунной системе хозяина в Восточной Азии и может проникать в него. Но в Европе или Австралии, например, иммунный анамнез меняется с течением времени из-за воздействия различных заболеваний. Тип B вируса может не распространяться среди хозяев за пределами Восточной Азии, и возможно, что он мутировал, чтобы выжить в разных популяциях".

В настоящее время ученые анализируют еще 1000 геномов SARS-CoV-2, чтобы подтвердить это, так как частота мутаций, по-видимому, увеличивается за пределами Китая. 

Вариант «С» является «дочерью» типа В и является основным европейским типом, обнаруженным у ранних пациентов из Франции, Италии, Швеции и Англии. Он отсутствует в выборке из материковой части Китая, но наблюдается в Сингапуре, Гонконге и Южной Корее.   

Ученые подчеркивают, что результаты их исследования могут помочь предсказать будущие глобальные горячие точки распространения заболеваний. "Анализ филогенетической сети может помочь выявить недокументированные источники инфекции COVID-19, которые затем могут быть помещены в карантин для сдерживания дальнейшего распространения заболевания по всему миру", - пояснил доктор Форстер.